Stanislav Mazurenko, PhD

2024

• Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

  HADDADI Faraneh VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav DAMBORSKÝ Jiří

  Software

  Rok: 2024

• Kód fyziologického farmakokinetického modelu (PBPK) v MatLabu pro simulaci časově závislých koncentrací chemických látek v lidském těle

  DOMÍNGUEZ-ROMERO Elena MAZURENKO Stanislav SCHERINGER Martin MARTINS DOS SANTOS Vítor A.P. EVELO Chris T. ANTON Mihail HANCOCK John M ŽUPANIČ Anže SUAREZ-DIEZ Maria

  Software

  Rok: 2024

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI

• Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

  BUSHUIEV Anton BUSHUIEV Roman KOUBA Petr FILKIN Anatolii GABRIELOVA Marketa GABRIEL Michal SEDLAR Jiri PLUSKAL4 Tomas DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef

  Článek ve sborníku

  12th International Conference on Learning Representations 2024, rok: 2024

• Making PBPK models more reproducible in practice

  DOMINGUEZ ROMERO Elena MAZURENKO Stanislav SCHERINGER Martin DOS SANTOS Martins Vitor A. P. EVELO Chris T. ANTON Mihail HANCOCK John M. ZUPANIC Anze SUAREZ-DIEZ Maria

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 6, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 1, DOI

• Protein representations: Encoding biological information for machine learning in biocatalysis

  HARDING-LARSEN David FUNK Jonathan MADSEN Niklas Gesmar GHARABLI Hani ACEVEDO-ROCHA Carlos G. MAZURENKO Stanislav WELNER Ditte Hededam

  Článek v odborném periodiku

  Biotechnology Advances, rok: 2024, ročník: 77, vydání: December 2024, DOI

• Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

  BUSHUIEV Anton BUSHUIEV Roman SEDLAR Jiri PLUSKAL Tomas DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef

  Článek ve sborníku

  ICLR 2024 Workshop on Generative and Experimental Perspectives for Biomolecular Design, rok: 2024

• Special Issue on Artificial Intelligence for Synthetic Biology

  MARTIN Hector Garcia MAZURENKO Stanislav ZHAO Huimin

  Článek v odborném periodiku (nerecenzovaný)

  Rok: 2024, druh: Článek v odborném periodiku (nerecenzovaný)

• Successor Sequence Predictor (SSP)

  KHAN Rayyan Tariq KOHOUT Pavel MUSIL Miloš ROSÍNSKÁ Monika DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David VILÍM Jan

  Software

  Rok: 2024